فرگشت ۱۰۱ تمامِ مدارکِ موجود نتیجه‌گیری‌های اصلیِ نظریهٔ فرگشت (یعنی، این که حیات روی زمین فرگشت یافته است و گونه‌ها نیاکان مشترکی دارند) را تایید می‌کند. زیست‌شناسان در مورد این نتیجه‌گیری‌ها اختلاف نظر ندارند. ولی در تلاشند چگونگی رخ دادن فرگشت را مشخص کنند، و این کار آسانی نیست. این کار مستلزم جمع‌آوریِ داده‌ها، طرح کردن فرضیه‌ها، ایجاد مدل‌ها و ارزیابیِ تلاش‌های دیگر دانشمندان است. همهٔ اینها فعالیت‌هایی هستند که می‌توانیم، و باید، در نظر داشته باشیم و این سوال را در موردشان بپرسیم که: آیا کاری که انجام می‌دهند علمی هست؟
تمامِ علوم سوالاتی در مورد جهان طبیعت طرح می‌کنند، توضیحاتی در مورد فرایندهای طبیعی پیشنهاد می‌کنند و این توضیحات را با استفاده از شواهدی از جهانِ طبیعت ارزیابی می‌کنند. زیست‌شناسیِ فرگشتی هم از این قاعده مستثنی نیست. استنباط بنیادینِ داروین از تغییرِ فرگشتی و تنوع‌یافتن، بسیاری از مشاهدات در فرایندهای طبیعی را توضیح می‌دهد و توسط شواهدی از جهانِ طبیعت تایید می‌شود.
بعضی سوالات که زیست‌شناسان فرگشتی در پیِ پاسخ به آنها هستند عبارتند از:¶
۱) آیا فرگشت متمایل به پیشروی به صورتِ کند و مداوم است یا با پرش‌هایی سریع؟
۲) چرا در بعضی کلادها تنوع بسیاری وجود دارد و در بعضی کم؟
۳) فرگشت چگونه ویژگی‌های جدید و پیچیده تولید می‌کند؟
۴) آیا روندهایی در فرگشت وجود دارد؟ و اگر وجود دارد، چه فرایندهایی آنها را ایجاد می‌کند؟