زیستشناسان در طول تاریخ چندین بار خود را به این هدف اشتباه متعهد کردهاند که حیات را به صورت یک نردبان، از جانداران پایینتر تا بالاتر، سامان دهند. این ایده در دلِ «زنجیرهٔ عظیم هستیِ» ارسطو نیز قرار دارد.
همچنین، چنین برداشت اشتباهی ممکن است در مورد فیلوژنیها نیز صورت گیرد، به این شکل که فکر کنیم برخی جانداران «پیشرفتهتر» از بقیه هستند؛ اگرچه، فیلوژنیها به هیچ وجه بر چنین چیزی دلالت ندارند.
نسخهٔ ارسطو از زنجیرهٔ عظیم هستی.
از بالا به پایین: هستی؛ خدا، فرشتگان، شیاطین، انسان، جانوران، گیاهان، کانیها؛ نیستی. نیمهٔ بالا (از خدا تا انسان): قلمرو هستی. نیمهٔ پایین (از انسان تا کانیها): قلمرو شدن.
حالا میدانیم که این ایده غلط است.
در این فیلوژنیِ بسیار سادهشده، بر اثر یک رویدادِ گونهزایی دو نسب ایجاد شد. یکی به خزههای امروزی منتهی شد؛ دیگری به سرخس، کاج و گل سرخ. از زمانِ این رویدادِ گونهزایی، هر دو نسب فرصت مساوی برای فرگشت داشتهاند. پس، اگرچه خزهها خیلی زود در «درختِ حیات» به شاخهای مستقل تبدیل شدند و خصوصیات مشترک بسیاری با نیای همهٔ گیاهانِ خاکی1 دارند، گونهٔ خزهٔ امروزی نیای گیاهانِ خاکیِ دیگر نیست. همچنین بدویتر از آنها نیز نیست. خزهها عموزادههای گیاهانِ خاکیِ دیگر هستند.
از چپ به راست: خزه، سرخس، کاج، گل سرخ. پیکان: رویداد گونهزاییِ اولیه.
پس بهیاد داشتن این سه نکته در هنگام مطالعهٔ یک فیلوژنی مهم است:
۱) فرگشت طرحی از روابط بین نسبها ایجاد میکند که به شکلِ یک درخت است، نه یک نردبان. 
۲) این که ما ترجیح میدهیم فیلوژنیها را از چپ به راست مطالعه کنیم، هیچ ارتباطی با سطح «پیشرفت» ندارد. 
۳) برای هر رویدادِ گونهزایی روی یک فیلوژنی، انتخاب این که کدام نسب سمت راست و کدام سمت چپ قرار گیرد اختیاری است. فیلوژنیهای زیر یکسان هستند: 
چپ: خزه، سرخس، کاج، گل سرخ. راست: سرخس، کاج، گل سرخ، خزه.
زیستشناسان اغلب کلادهایی را که بیشتر مدّ نظرشان است (چه خفاش یا ساس باشد، یا باکتری) در سمت راستِ فیلوژنی قرار میدهند.
تصورات غلط در مورد انسانها
وقتی به فرگشتِ انسان میرسیم، نکات ذکر شده در بالا موجب بیشترین مشکلات میشود. فیلوژنیِ نزدیکترین گونههای زنده به ما (انسانهای مدرن) به این صورت است:
از چپ به راست: گوریلها، انسانها، شامپانزهها و بونوبوها2.
مهم است که بهیاد داشته باشیم:
۱) انسانها از شامپانزهها فرگشت نیافتهاند. انسانها و شامپانزهها عموزادههای فرگشتی هستند و یک نیای مشترکِ متأخر دارند که نه شامپانزه و نه انسان بود.
۲) انسانها «بالاتر» یا «فرگشت یافتهتر» از دیگر نسبهای موجود نیستند. از زمانی که نسبهای ما از هم جدا شدند، انسانها و شامپانزهها هر کدام ویژگیهایی مختص (یا منحصر) به نسب خود را کسب کردند.